Un ruolo molto importante nella storia della chiesa di San Bernardino fu svolto dalla ricca borghesia locale, che lega il proprio nome alle cappelle ed agli altari, oltre a più onerose iniziative, commissionando ed acquistando “prodotti di lusso” destinati all'arredo delle cappelle di patronato.

Le cappelle in chiesa si snodano lungo le due navate.

Entrando da sinistra, si susseguono:

▪ l'altare della Crocifissione

▪ la Cappella Passari

▪ l'altare dell’Immacolata

▪ l'altare dell’Adorazione dei Pastori

▪ l'altare di San Francesco da Paola

▪ la Cappella del Santissimo

▪ l'Altare Maggiore, al centro della struttura

▪ l'altare di San Michele Arcangelo

▪ l'altare di S. Salvatore da Horta

▪ l'altare della Madonna del Soccorso

▪ l'altare della Madonna degli Angeli

▪ l'altare della Madonna del Carmine.

In questa sezione sono presenti le schede storico-artistiche di ogni altare.

È necessario rammentare che, durante i lavori di "ammodernamento" tra gli anni '70 e '90 molti altari, tra cui lo stesso altare maggiore, hanno perso parecchie loro componenti, come, ad esempio, i tabernacoli e i frontali (che, peraltro, sono stati collocati in modo arbitrario nel corridoio del chiostro).

Stessa sorte è toccata alle lapidi, anch'esse "attaccate" alle mura del corridoio del chiostro o su alcune colonne della chiesa.